Implémentation des prélèvements de mycologie sur une chaîne automatisée permettant l’ensemencement, l’incubation et la lecture des cultures : l’expérience grenobloise

A l’heure de l’optimisation maximale des flux de travail, et des exigences de tracabilite et de performances analytiques requises pour l’accreditation, l’automatisation et l’informatisation des modes operatoires d’un laboratoire sont ineluctables. L’automatisation de l’ensemencement et de la culture des prelevements pour mise en evidence de bacteries ou de champignons representent un defi technologique, du fait de la diversite des prelevements et de la multitude des protocoles. Aujourd’hui plusieurs industriels ont releve ce defi, et beaucoup de laboratoires, aussi bien publics que prives, envisagent cette solution pour une partie, ou l’ensemble des prelevements recus. Le CHU de Grenoble est entre dans cette demarche en juin 2012 via un appel d’offre de type « dialogue competitif », au decours duquel a ete acquise une chaine automatisee comportant differents modules permettant l’ensemencement des echantillons, la gestion de l’incubation des cultures et leur lecture sur images digitalisees. Le secteur de mycologie du service de parasitologie-mycologie de Grenoble a fait le choix de l’innovation en souhaitant integrer ce projet d’envergure des son commencement. Une collaboration etroite et efficace a ete mise en place avec l’ensemble des protagonistes impliques dans le projet (personnels de bacteriologie, administratifs, informaticiens, ingenieurs, techniciens, cadres) via differents groupes de travail : organisationnel, informatique, pre-analytique, etc. Certaines procedures de prelevements ont du etre harmonisees, des solutions informatiques communes ont ete validees et un poste de travail d’ensemencement mutualise a ete deploye. Les modifications proposees permettent a notre secteur de mycologie de garder sa specificite et son expertise, tout en integrant un flux de travail impose par la cadence des prelevements de bacteriologie. Aujourd’hui, 8 mois apres l’installation effective de cette chaine, la qualification progressive des prelevements permet de passer 60 % de notre activite quotidienne en mode « full-automatique ». Les prelevements les plus complexes seront geres sur le module semi-automatique. L’objectif final est l’integration de la quasi-totalite de nos prelevements de mycologie sur la chaine d’ici juin 2017. Enfin, la connexion complementaire des flux d’identification du MALDI-TOF et des lecteurs d’antibio/fongigrammes permet une informatisation quasi-totale du processus analytique et une tracabilite optimale de nos resultats. En conclusion, l’integration d’une chaine d’ensemencement, d’incubation et de lecture est un travail important et de longue haleine. Pour beneficier des avancees majeures amenees par l’automatisation, une collaboration efficace et complaisante entre tous les protagonistes impliques, et en particulier avec le personnel de bacteriologie, est indispensable pour integrer nos specificites et maintenir notre expertise en mycologie medicale.