Mise en place du diagnostic moléculaire de tubulopathies rénales héréditaires par un panel NGS

Les tubulopathiesrenales hereditaires sont heterogenes du point de vue clinique et genetique ; un diagnostic precis permet une meilleure prise en charge. Notre laboratoire realise le diagnostic genetique de 20 tubulopathieshereditaires pour environ 500 cas index par an. Dans le cadre du reseau europeen FP7 EURenOmics le panel Tub MASTR™ a ete developpe par MULTPLICOM permettant l’analyse de 37 genes responsables de 22 tubulopathies. Nous avons utilise ce panel sur MiSeq (Illumina) pour analyser 246 echantillons (14 patients porteurs de mutations connues et 232 nouveaux cas index). L’analyse bio-informatique a ete realisee a l’aide des logiciels SeqNext (JSI), Variant studio et Polydiag. Les genes cibles des premiers 17 nouveaux cas analyses ont ete sequences en parallele par Sanger, ainsi que les variations potentiellement pathogenes et les amplicons avec une profondeur inferieure a 30X des autres cas. Ce panel permet de couvrir 490/491 des exons cibles avec une profondeur moyenne de 2000X. Nous avons detecte 18/19 des variations precedemment identifiees ; la mutation non identifiee est une deletion de 101pb du gene SLC34A3 sur une region repete. Il n’y a pas eu de discordance entre les 2 techniques pour les cas analyses en parallele. Des variations pouvant expliquer les differentes pathologies ont ete detectees dans 22 genes comme suit : acidose tubulaire proximal 1/1 ; maladie de Dent 3/5 ; diabete phosphate 11/31 ; hypomagnesemie renale 3/5 ; hypercalcemie-hypocalciurie familial 15/58 ; hypocalcemie autosomique dominante 2/10 ; syndromes de Bartter et Gitelman 49/73 ; syndrome de Gordon 2/2 ; acidose tubulaire distal 20/28 ; diabete insipide nephrogenique 6/10 et pseudohypoaldosteronisme de type 1 4/9. En conclusion, le panel Tub MASTR permet une identification fiable des variations responsables de tubulopathieshereditaires. Les taux de detection de mutations pour les pathologies les plus souvent analysees sont similaires a ceux observes avec la technique Sanger.