[From boots on the ground to nucleotides in the sequencer: a century of advances in the study of the plant virus ecology].

L'ecologie des virus vegetaux a commence a etre exploree a la fin du xixe siecle. Depuis lors, des avancees majeures ont mis en evidence de complexes interactions virus-hote-vecteur dans des environnements varies. Ces progres ont ete acceleres par de nouvelles technologies de detection et de caracterisation des virus, dont la derniere en date est le sequencage a haut debit (HTS). Les technologies HTS permettent, pour la premiere fois, de caracteriser sans information prealable le virome, c'est-a-dire l'ensemble des virus presents dans un echantillon. Ces travaux de phytoviromique bases sur les technologies HTS ont recemment produit d'importants resultats. A titre d'exemples, on peut citer la mise en evidence des influences reciproques entre la dynamique des phytovirus et la structure des communautes hotes multi-especes ou des effets de la simplification des ecosystemes causes par les activites humaines sur la biodiversite et l'emergence de nouveaux virus dans les cultures. Cependant, pour etre efficaces, les etudes de phytoviromique doivent surmonter des defis a chaque etape de la procedure, depuis l'echantillonnage des plantes jusqu'aux analyses bio-informatiques. Cette revue resume tout d'abord les progres historiques majeurs de l'ecologie des virus vegetaux realises en association avec les developpements technologiques, puis precise les elements cles a considerer pour tenter de se projeter a court terme vers des etudes sans a priori d'ecologie des communautes virales.