PERL¶

使用Miniconda 3环境安装perl¶

加载Miniconda 3

$ module load miniconda3

创建conda环境

$ conda create --name PERL

激活R环境

$ source activate PERL

如有必要，请删除现有的CPAN模块和.bashrc中perl相关设置

$ rm -rf ~/.perl ~/.cpan

上述操作会删除现在已有模块和perl环境配置信息，请谨慎操作。

在当前环境下安装perl并设置相关环境变量

$ conda install perl
...
$ cpan
...
$ Would you like to configure as much as possible automatically? [yes] yes
...
$ What approach do you want?  (Choose 'local::lib', 'sudo' or 'manual')
 [local::lib]
...

拓展模块cpan安装示例¶

$ module load miniconda3
$ source activate PERL
$ cpan
cpan> install XML::LibXML
...
cpan> install Getopt::Std
...
cpan> install Encode

手动拓展模块下载示例(不推荐)¶

$ cd /YOUR/PACKAGE/PATH
$ tar xvzf Net-Server-0.97.tar.gz
$ cd Net-Server-0.97
$ perl Makefile.PL
$ make test

拓展模块conda安装示例(推荐)¶

$ source activate PERL # 进入创建的conda环境
$ conda install -c bioconda perl-pdf-api2
$ perl -MPDF::API2 -e '' # 无报错说明模块安装成功

查看已下载的perl拓展模块¶

#方法一：
$ module load miniconda3
$ source activate PERL
$ instmodsh
> l
Installed modules are:
   ...
   Perl

#方法二：
$ perldoc perllocal
...

Perl的SLURM作业示例¶

用法：sbatch job.slurm

#!/bin/bash

#SBATCH -J Perl
#SBATCH -p small
#SBATCH --mail-type=end
#SBATCH --mail-user=YOU@EMAIL.COM
#SBATCH -o %j.out
#SBATCH -e %j.err
#SBATCH -n 1

module load miniconda3
source activate PERL

perl hello.pl

参考资料¶

最后更新: 2024 年 10 月 14 日